Los agroecosistemas son entendidos como aquellos ecosistemas naturales que han sido alterados por el hombre en función de diferentes practicas pecuarias y/o agrícolas, dichos ecosistemas abarcan aspectos ambientales, presiones bióticas, condiciones económicas, sociales y culturales, igualmente, requieren del consumo de ciertos recursos que agrupan los bienes y servicios producidos, comprados o prestados para facilitar el aprovechamiento del capital natural. El objetivo de la propuesta es proponer indicadores para medir la sustentabilidad en agroecosistemas campesinos, a través del “Marco para la Evaluación de Sistemas de Manejo de recursos naturales incorporando Indicadores de Sustentabilidad (MESMIS)”. La metodología MESMIS está compuesta por los atributos productividad, equidad, estabilidad, resiliencia, confiabilidad, adaptabilidad, autodependencia, además, de puntos críticos, áreas a evaluar, criterios de diagnóstico e indicadores, que indagan el grado de cumplimiento de las prácticas agropecuarias en la producción primaria y permite proponer recomendaciones y aportes para la mejora de las prácticas productivas a nivel de territorio. Como resultado, se propone el diseño de una estructura de diagnóstico participativo donde se caracterice los aspectos socioeconómicos y biofísicos de un agroecosistema y se mida la sustentabilidad a través de 28 indicadores, dichos indicadores se evalúan mediante fórmulas matemáticas y criterios de evaluación, que permiten establecer el grado de confiablidad de la práctica estimada y así proponer estrategias y alternativas para la seguridad y soberanía alimentaria, desigualdad y equidad de género, conservación de prácticas culturales adaptadas al territorio, diversidad de flora y fauna, dependencia de agroquímicos, modos de vida tradicional, influencia externa de tecnología, conocimientos y políticas públicas.