El mejoramiento del manejo fitosanitario en producciones de cacao (Theobrorna cacao L) involucra el uso de alternativas amigables como los productos a base de plantas con actividad antimicrobiana tal es el caso del género Piper. Esta investigación buscó cuantificar las enfermedades presentes en plantaciones de cacao en municipios de la región del Tequendama Cundinamarca-Colombia y evaluar aspectos eco fisiológicos de Piper SP. Se trabajó en seis fincas de la Asociación de Cacaoteros del Bajo Tequendama en Viotá, Anapoima y Tocaima. Se evaluó la incidencia y severidad de las enfermedades y se generaron mapas de calor. Se tomaron muestras vegetales sintomáticas para su identificación en laboratorio. Se ubicaron relictos de Piper SP en Viotá y Apulo y se evaluó densidad estomática, temperatura de la hoja, índice de verdor y área foliar específica, así como variables ambientales: temperatura, precipitación, radiación solar, apertura del dosel y contenido de nitrógeno y textura del suelo. Las enfermedades con mayor incidencia fueron monialiasis (Moniliophthora raran) y mazorca negra (Phytophohora spp), seguidas de mal de machete (Ceratocysus sp) y muerte regresiva (Lasiodiplodia sp). Se identificaron morfológicamente los géneros fúngicos Monillophtora, Fusanum, Colletotrichum, Lasiodioplodia, Phytophthora, Trichoderma, Clonostachys y Aspergillus. En los relictos de piperáceas se encontró una relación directa entre la temperatura de la hoja y del ambiente. La densidad estomática se asocia a elementos taxonómicos y las plantas con mayor contenido de nitrógeno total presentan un mayor índice de verdor.